Het CamKinase onderzoek

Caroline Bruinsma doet wetenschappelijk onderzoek naar het Angelman Syndroom. Daarvoor is ze aangesteld als assistent-in-opleiding (AIO) aan het Erasmus Medisch Centrum in Rotterdam. In deze nieuwsbrief doet ze verslag  over het verloop van haar onderzoek. 

Het onderzoek naar Angelman is van start gegaan. Mijn eerste werkzaamheden bestonden uit lezen: me inlezen in de wetenschappelijke literatuur. Ook heb ik wat dingen opgezet op het lab. Over het Angelman syndroom zelf hoefde ik niet meer te lezen, want ik weet daar door mijn mastersonderzoek al aardig veel van. 

Wel heb ik gelezen hoe andere onderzoe¬kers vergelijkbare onderzoeksvragen heb¬ben aangepakt om erachter te komen wat de meest succesvolle aanpak is. 

Relatie tussen Ube3a en CaMK2 

Mijn onderzoek is voornamelijk gericht op het ophelderen van de relatie tussen twee genen met de namen Ube3a en CaMK2. We weten namelijk dat één gen ontbreekt bij mensen met Angelman syndroom, het Ube3a-gen. Dit gen bevat de informatie die nodig is voor het Ube3a-eiwit.Wat de functie is van het Ube3a-eiwit, dat ook ont- Het eerste tandwiel representeert dan het Ube3a-eiwit en het laatste tandwiel het CaMK2-eiwit. Wij zijn dus op zoek naar het tandwieltje in het midden, dat met het vraagteken erin, dat de andere tandwielen met elkaar verbindt. 

Bakkersgist 

Om deze ontbrekende schakel te vinden, het zogenoemde ‘targeteiwit’, gebruiken we een aantal technieken. Eén van de technie¬ken werkt met gewoon bakkersgist. In die gistcellen brengen we het Angelman-eiwit en een willekeurig ander eiwit bij elkaar. Als we de eiwitten aan elkaar binden, treedt er een reactie op. De gist wordt dan blauw van kleur. 

Dit doen we niet met één eiwit, maar met vele duizenden. Juist omdat we met gisten werken, kunnen we zo’n test redelijk snel doen. Een nadeel is dat er veel eiwitten  tussen zitten, die wat we noemen ‘vals positief’ zijn. Dat betekent dat ze wel een reactie ver¬tonen, maar niet belangrijk zijn. Dat is nu niet erg. Later zoeken we uit welke eiwit¬ten wel en welke niet belangrijk zijn voor het onderzoek.  

We hebben deze proef inmiddels gedaan, dus alle gistcellen die blauw zijn geworden hebben we getest. Nu hebben we dus een hele lange lijst van eiwitten die mogelijk de onbrekende schakel zijn tussen het CaMK2-eiwit en het Ube3a-eiwit. Zoals ik al eerder heb verteld zitten in deze lijst echter ook veel eiwitten die niet goed zijn: de ‘vals positieven’. 

Lijsten 

Om de lijst wat beter te maken moet ik deze proef een aantal maal herhalen. Zo krijg je heel veel lijsten en heel veel eiwit¬ten die mogelijk de missende schakel kun¬nen zijn. Als we dan alle lijsten vergelijken hopen we eiwitten te kunnen vinden die telkens terug komen en zo de kandidaat¬lijst kleiner maken. Het is namelijk een onbegonnen taak om alle eiwitten te gaan testen. 

Met goede moed en doorzettingsvermogen gaan we het experiment dus nog een aantal keren herhalen. Hopelijk komen we zo wat dichter bij dat ongrijpbare eiwit wat we zoeken. 

Volgende keer meer! 
Caroline Bruinsma